IE9の既知のバグとして、とても大きいTableタグを表示すると崩れてしまうというものがある。
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/aspnetja/thread/89e1041f-a9c2-4e80-869a-637b889febe0
IE9の既知のバグとして、とても大きいTableタグを表示すると崩れてしまうというものがあるようです。
その際の対応としましては、metaタグでIEのレンダリングモードにIE9を利用しないよう指定することで回避しました。
http://stackoverflow.com/questions/12174041/html-table-not-rendering-correctly-in-ie9
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-ZA/iewebdevelopment/thread/e6f49d52-ec3f-47c5-802e-b80d1a58ed39
https://connect.microsoft.com/IE/feedback/details/665694/ie9-skips-cells-when-rendering-large-table-with-multiple-tbody-elements-from-ajax-using-jquery
http://ap.atmarkit.co.jp/bbs/core/fdotnet/31511
IE9 のみの問題のようですね。Vista + IE9 でも表示の崩れを再現できました。
IE9 の開発者ツールで「レイアウト」を表示し、問題の td 要素を見てみると Offset がずれていました。html コードを見た限りではずれるはずはないのですが・・・
理由は不明ですが、IE9 のバグっぽいです。
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/iewebdevelopment/thread/28d78780-c95c-4c35-9695-237ebb912d90
http://jsfiddle.net/kiranmn/kYRnV/4/embedded/result/